В структуре учреждения созданы подразделения по территориальному и функциональному принципу. Реорганизованные учреждения, осуществлявшие управление заповедниками и национальными парками, в настоящее время функционируют как филиалы ФГБУ "Заповедное Приамурье".

Статус филиала получила и созданная с "чистого листа" администрация национального парка "Шантарские острова". Обособленным подразделением также является и дирекция.

Возглавляет учреждение директор, назначаемый приказом Минприроды России.

Руководители филиалов по должности являются заместителями директора. Также в штатном расписании учреждения существуют должности "функциональных" заместителей директора, курирующих определенные направления деятельности в целом. Это заместитель по правовым вопросам и кадрам, заместитель по лесохозяйственной деятельности, заместитель по экологическому просвещению и туризму, а также главный бухгалтер.

Филиалы и дирекция имеют в своей структуре отделы. Так в каждом филиале, а также в дирекции, созданы отделы обеспечения основной деятельности.